Aquest estany costaner conserva una zona d'aigües obertes dolces de 2.800 hectàrees de superfície i mig metre de profunditat mitjana. Compta amb una orla d'extensos senillars i amb zones d'escassa profunditat —alterons— on la vegetació palustre arriba a formar illes, localment conegudes com a mates.
Antigament, la superfície de l'estany era molt major que l'actual, atès que els seus límits es van anar reduint pel drenatge dels camps i la transformació agrícola fins a mitjan segle passat. A l'hivern, amb l'augment del nivell d'aigua i la inundació dels tancats arrossers —la «perellonà»—, aquest espai d'aigües obertes recupera gran part de la seua extensió original.
Tres canals artificials comuniquen directament l'Albufera amb el mar: les goles del Perelló, el Perellonet i el Pujol. I la gola del Rei, vestigi d'aquella antiga desembocadura, és utilitzada per al drenatge de les marjals del sud de Sueca i Cullera.
Des dels anys seixanta del segle passat, l'entrada d'aigües superficials de mala qualitat, procedents de nuclis urbans i industrials de tota la conca de drenatge i de l'agricultura, ha causat una elevada eutrofització i la pèrdua de gran part de les comunitats d'animals i plantes aquàtiques d'aquest sistema lacustre. Actualment, l'explotació comercial de la pesca se segueix desenvolupant intensament —anguila, llissa i llobarro—, amb limitacions que depenen únicament de la demanda de mercat. La introducció d'espècies de fauna exòtica, com la perca-sol o el carranc americà, han causat, a més, certes alteracions ecològiques. L'àrea està lliure de la caça, però el furtivisme, la pesca i el trànsit freqüent d'embarcacions ocasionen molèsties a les aus aquàtiques al llarg de tot l'any.