En L'Albufera han sido registradas más de 350 especies de aves, de las que muchas son regulares o frecuentes a lo largo del año y otras ocasionales o divagantes. El principal valor de este espacio radica en las poblaciones de aves acuáticas presentes a lo largo del año, con cifras especialmente destacadas durante el periodo reproductor —larolimícolas y ardeidas— y en invernada. Durante los pasos migratorios, L'Albufera ofrece también un hábitat adecuado para muchas aves. Sin embargo, durante varios meses al año, esta capacidad de acogida se ve drásticamente limitada; sobre todo cuando, por el ciclo del cultivo del arroz, la superficie del arrozal permanece en seco. En esta época, las aves acuáticas lo acusan y su presencia se reduce notablemente.
Nidificantes
La comunidad de aves acuáticas nidificantes está representada por poblaciones de somormujos —Podicipedidae, con dos especies—, garzas —Ardeidae, con siete especies—, patos —Anatiidae, cinco especies—, fochas —Rallidae, cuatro especies—, limícolas —Recurvirostridae, Glareolidae y Charadriidae, con cinco especies—, gaviotas —Lariidae, con cinco especies— y charranes —Sternidae, con cinco especies—. Destacan las poblaciones de charranes y garzas, con cifras que en ocasiones superan las cuatro mil parejas en cada caso. Las zonas de vegetación palustre albergan una interesante población de paseriformes palustres, entre las que destacan el carricerín real Acrocephalus melanopogon, la buscarla unicolor Locustella luscionioides o el bigotudo Panurus biarmicus. Hay que destacar también la presencia de especies nidificantes escasas como la cerceta pardilla Marmaronetta angustirostris (entre una y cuatro parejas, según años) o el calamón común Porphyrio porphyrio (algo más de cien parejas).
Invernantes
En invierno, L'Albufera acoge también una importante comunidad de aves acuáticas, entre las que sobresalen las anátidas, con cifras que en ocasiones superan las 25.000 aves; las gaviotas, con más de 20.000 aves, y los limícolas, con más de dos mil aves. Resultan también elevados los efectivos que presenta el grupo de las garzas —más de dos mil aves— y el cormorán grande Phalacrocorax carbo, que supera con creces las tres mil aves. En este periodo se registran cifras destacadas de pato colorado Netta Rufina, en ocasiones por encima de los cinco mil individuos, y, más recientemente, de ánade azulón Anas platyrhynchos, en cantidades superiores a las diez mil aves.
Migrantes
En los diferentes pasos migratorios, también se registran cifras elevadas de algunos grupos de aves, en especial de limícolas, que encuentran en el marjal un hábitat idóneo para obtener alimento. Entre febrero-marzo y julio-septiembre, suelen registrarse números altos de aguja colinegra Limosa limosa —más de dos mil aves en marzo—, avefría europea Vanellus vanellus y chorlito dorado europeo Pluvialis apricaria —más de quinientos ejemplares— en el paso prenupcial, y de correlimos y archibebes —más de cuatrocientas aves— en el paso postnupcial, periodo en el que también la canastera común Glareola pratincola se observa en concentraciones notables, con totales que superan los trescientos individuos.
En el mar se observa también un buen número de especies de aves marinas, principalmente gaviotas y charranes alimentándose durante el periodo nupcial. Si bien destaca por su importancia la presencia de la pardela balear Puffinus mauretanicus, que en periodos concretos del año puede llegar a contar dos mil o tres mil aves, y la gaviota de Audouin Larus audouinii, regular gran parte del año.
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