Esta laguna costera conserva una zona de aguas abiertas dulces de 2.800 hectáreas de superficie y medio metro de profundidad media. Cuenta con una orla de extensos carrizales y con zonas de escasa profundidad —«alterons»— donde la vegetación palustre llega a formar islas, localmente conocidas como «matas».
Originalmente, la superficie de la laguna era mucho mayor que la actual, ya que sus límites se fueron reduciendo por el drenaje de los campos y la transformación agrícola hasta mediados del siglo pasado. En invierno, con el aumento del nivel de agua y la inundación de los «tancats» arroceros —la «perellonà»—, este espacio de aguas abiertas recupera buena parte de su extensión original.
Tres canales artificiales comunican directamente L’Albufera con el mar: las «golas» de El Perelló, El Perellonet y El Pujol. Y la Gola del Rei, vestigio de aquella desembocadura original, es utilizada para el drenaje de los marjales del sur de Sueca y Cullera.
Desde los años sesenta del siglo pasado, la entrada de aguas superficiales de mala calidad, procedentes de núcleos urbanos e industriales de toda la cuenca de drenaje y de la agricultura, ha causado una elevada eutrofización y la pérdida de gran parte de las comunidades de animales y plantas acuáticas de este sistema lacustre. En la actualidad, la explotación comercial de la pesca se sigue desarrollando intensamente —anguila, múgil y lubina—, con limitaciones que dependen únicamente de la demanda de mercado. La introducción de especies de fauna exótica, como la perca-sol o el cangrejo americano, han causado, además, ciertas alteraciones ecológicas. El área está libre de la caza, pero el furtivismo, la pesca y el tránsito frecuente de embarcaciones de recreo ocasionan molestias en las aves acuáticas a lo largo de todo el año.
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